Dateisysteme bilden die Grundlage für die Verwaltung von Dateien und Ordnern, bestimmen, welche Maximalgröße Dateien haben dürfen, welche Zeichen und Längen bei Datei- und Ordnernamen erlaubt sind und vieles mehr.
Wichtig ist zu begreifen, daß es nicht das beste Dateisystem geben kann, viele sind für spezielle Anforderungen optimiert: Einige können besser mit vielen kleinen Dateien umgeben (E-Mail-Server), andere kopieren sehr große Dateien dagegen schneller (File-Server). Einige können sehr viel größere Datenmengen speichern, dafür aber nicht gelöschte Dateien wiederherstellen. Welches Dateisystem man installiert, hängt also allein vom Anwendungsbezug ab!
Unter vielen Linux-Distributionen wird neuerdings das Dateisystem ext4 als Standard verwendet, was gegenüber seinem Vorgänger (ext3) nun bis zu 1EByte statt »nur« 16 TByte verwalten kann. Außerdem sind über 32.000 Unterverzeichnisse zugelassen, Dateien erhalten einen Nanosekunden-genauen Zeitstempel, die Defragmentierung erfolgt im Betrieb. Prüfsummen für das Journal machen dieses Dateisystem noch ausfallsicherer (ideal für Festplatten mit sehr großer Kapazität).
Trotz dieser Vorzüge werden irgendwann Dateisysteme wie ZFS oder btrfs das ext4-Dateisystem ablösen, da diese eine Snapshot-Funktion bieten, die ein Dateisystem-Backup quasi im laufenden Betrieb ermöglichen (ZFS und btrfs sollten (noch) nicht im produktiven Betrieb eingesetzt werden, da sie sich in der Entwicklungsphase befinden!). Außerdem ist die Journal-Funktion von ext3 oder ext4 gegenüber anderen Dateisystemen wie XFS oder JFS recht träge.
ReiserFS ist ein Dateisystem, das gerade bei vielen und kleinen Dateien enorm schnell arbeitet. Deswegen wird es manchmal auf Mailservern eingesetzt. Manche Entwickler halten XFS dagegen für leistungsfähiger.
Die Journal-Funktion kann sich allerdings auch als hinderliche Geschwindigkeitsbremse erweisen, was vor allem für Flash-Speicher, sprich: USB-Sticks oder SSDs, zutrifft. Die Lösung heißt ganz einfach, auf derartigen Speichermedien ein nicht-journaling-Dateisystem zu formatieren, z.B. FAT32, ext2 oder ext4 ohne Journalfunktion. Wegen möglicher Probleme sollte ext4 ohne Journalfunktion nur bei Betrieb z.B. eines Ubuntu 10.04 (oder neuer) mit einer Kernel-Version von 2.6.29 (oder neuer) verwendet bzw. eingerichtet werden.